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生物化学与分子生物学系

陈阳

 

 

教育经历:

1999.09-2002.06就读于中山大学主修药学专业,辅修计算机专业,获学士学位

2002.09-2005.06就读于北京协和医学院, 免疫学专业,获硕士学位

2005.09-2008.06就读于北京协和医学院,生化与分子生物学专业,获博士学位

 

工作经历:

2008.09-2011.07清华大学自动化系控制科学与工程博士后站,助理研究员

2011.08-2020.12清华大学信息国家研究中心生物信息学研究部助理研究员、副研究员

2020.12-至今,中国医学科学院基础医学研究所,研究员,博士生导师

 

研究方向:

1生物时空组学技术与生物信息方法研究,

2疾病中基因组空间结构与功能研究。

 

主要研究成果:

近期我们在Nature MethodsSEAM,2021)、Nature CommunicationsBL-Hi-C, 2017)、Genome BiologyHi-MS,20213CPET, 2015)、Genome ResearchFIND, 2018)、Nucleic Acids ResearchPhaSepDB, 2020HiCDB, 2018)、Analytical ChemistryPECAN2018)等期刊发表基因组技术、生物信息方法、基因调控机理相关论文35篇,获得中国发明专利2项,获得软件著作权2项。研究成果入选2018年中国生物信息学十大进展

 

课题组成员

王琦,高级工程师

杨丽黎,2020级客座博士研究生

韩虹晓,2021客座博士研究生

钰珊,2019级硕士研究生

冀梦蝶,2020级硕士研究生

郭鑫,2021级硕士研究生

宋博渊,2021级硕士研究生

王雪竹,2016协和临床八年制

董昱诚,2017协和临床八年制

陈欣宇,2018协和临床八年制

 

 

人才招聘:

2022课题组计划在计算科学神经生物化学方向招聘副研究员2名(事业编制),博士后2名。课题组具备先进的基因组学、生物信息学、系统生物学研究平台,经验丰富的带教老师,可以为博士研究生/硕士研究生/访问实习学生提供合理完善的培养条件热烈欢迎各位致力于交叉学科研究与转化医学实践的伙伴联系我们!

 

联系方式:

联系电话:010-69156430

电子邮件:ycatibms.pumc.edu.cn

通讯地址:老科研楼348室,北京东单三条5号,邮编100005

 

近期代表性论文#第一作者,*通讯作者)

 

  1. 1. Xuezhu Wang#, Yucheng Dong#, Yongchangzheng, Yang Chen*. Multi-omics Metabolic and Epigenetics Regulatory Network in Cancer: A Systems Biology Perspective. Journal of Genetics and Genomics, 2021.520-530. link

 

  1. 2. Zhiyuan Yuan#, Qiming Zhou#, Lesi Cai#, Lin Pan, Weiliang Sun, Shiwei Qumu , Si Yu, Jiaxin Feng, Hansen Zhao, Yongchang Zheng, Minglei Shi, Shao Li, Yang Chen*,  Xinrong Zhang*, Michael Q. Zhang*. SEAM is a spatial single nuclear metabolomics method for dissecting tissue microenvironment. Nature Methods, 2021.18,1223-1232. link

 

  1. 3. Minglei Shi#*, Kaiqiang You#, Taoyu Chen, Chao Hou, Zhengyu Liang, Mingwei Liu, Jifeng Wang, Taotao Wei, Jun Qin, Yang Chen*, Michael Q Zhang*, Tingting Li*. Quantifying the phase separation property of chromatin-associated proteins under physiological conditions using an anti-1,6-hexanediol index. Genome Biology, 2021.22(1):229. link

 

  1. 4. Shuai Jiang, Hao Li, Hao Hong, Guifang Du, Xin Huang, Yu Sun, Junting Wang, Huan Tao, Kang Xu, Cheng Li, Yang Chen*, Hebing Chen*, Xiaochen Bo*. Spatial density of open chromatin: an effective metric for the functional characterization of topologically associated domains. Briefings in Bioinformatics. 2020 Sep 28;bbaa210. link

 

  1. 5. Kaiqiang You#, Qi Huang#,  Chunyu Yu#,  Boyan Shen,  Cristoffer Sevilla, MingleiShi,  HenningHermjakob*,  Yang Chen*,  Tingting Li*. PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins. Nucleic Acids Research, 2020, Jan 8;48(D1):D354-D359. link

 

  1. 6. Fengling Chen#, Guipeng Li#, Michael Q Zhang, Yang Chen*. HiCDB: a sensitive and robust method for detecting contact domain boundaries. Nucleic Acids Research, 2018, 46, 11239-11250. link
  2. 7. Mohamed Nadhir Djekidel, Yang Chen*, Michael Q. Zhang*. FIND: difFerential chromatin INteractions Detection using a spatial Poisson process. Genome Research, 2018, 28:1-11. link

 

  1. 8.Yanjian Li#, Yi He#, Zhengyu Liang, Yang Wang, Fengling Chen, Mohamed Nadhir Djekidel, Guipeng Li, Xu Zhang, Shuqin Xiang, Zejun Wang, Juntao Gao, Michael Q. Zhang*, Yang Chen*. Alterations of specific chromatin conformation affect ATRA-induced leukemia cell differentiation. Cell Death & Disease, 2018, 9(2):200. link

 

  1. 9. Zhengyu Liang, Guipeng Li, Zejun Wang, Mohamed Nadhir Djekidel, Yanjian Li, Minping Qian, Michael Q. Zhang* and Yang Chen*. BL-Hi-C is an efficient and sensitive approach for capturing structural and regulatory chromatin interactions. Nature Communications, 2017, 8:1622. link

 

  1. 10. Jingyu Wang, Fengling Chen, Longwei Liu, Chunxiao Qi, Bingjie Wang, Xiaojun Yan, Chenyu Huang, Wei Hou, Michael Q. Zhang, Yang Chen*, Yanan Du*. Engineering EMT using 3D micro-scaffold to promote hepatic functions for drug hepatotoxicity evaluation. Biomaterials, 2016. 91:11-22. link

 

  1. 11. Mohamed Nadhir Djekidel, Zhengyu Liang, Qi Wang, Zhirui Hu, Guipeng Li, Yang Chen*, Michael Q. Zhang*. 3CPET: finding co-factor complexes from ChIA-PET data using a hierarchical Dirichlet process. Genome Biology, 2015. 16:288. link

 

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