学术活动报道:第十二期“协和生物医学论坛”顺利举行
2024年 3 月 14 日下午,第十二期“协和生物医学论坛”在可胜大楼外宾室顺利举行。应基础所院陈厚早副所长邀请,昌平国家实验室任仙文教授做客本期论坛,为基础所院广大师生作了题为“单细胞与空间组测序数据分析算法的开发与医学应用”的精彩学术报告。论坛由基础所学术活动委员会轮值主席龙尔平教授主持,王婧书记、陈厚早副所长等 50 余名科研人员、师生出席并参与讨论。
任仙文教授在报告中首先介绍了为何选择从事单细胞转录组测序的生物信息学分析,即用生物信息学的办法,通过数学建模,借助计算的工具从细胞层面去研究基因型与表现型之间的函数关系,专注研究生物信息学,致力于开发生物信息学方法以将单细胞测序所得的数据转化成理解生命现象所需的信息,从而更为深刻地理解生命与疾病。接着任教授着重讲解了其团队开发的一个单细胞分辨率的空间转录组反卷积算法 ——Rdeconve,该算法在各种空间转录组学平台和数据集上均优于其他算法,具有更高的准确性、分辨率、稳健性和速度,为整合单细胞与空转数据提供了新工具, Rdeconve的出现将推动 scRNA-seq和空间转录组技术在各个研究方向中的应用,将全转录组空间转录组学数据与匹配的单细胞 RNA测序数据一起进行综合分析,对生物学研究具有重要意义。

在提问互动环节,广大师生积极与任仙文教授进行交流,大家分别就 Redeconve的单细胞分辨率解析提供了对免疫细胞之间相互作用的新见解、不同细胞类型分辨率对反卷积的影响、 Redeconve的性能与其他算法相比等问题进行了深入浅出的交流,与会师生受到了良好的启发和鼓舞。