中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院（以下简称“所院”）的前身为1958年成立的中国医学科学院实验医学研究所，1978年因由四川简阳迁回北京更名为“基础医学研究所”。所院历史最早可追溯至北京协和医学院建校之初即建立的基础医学相关学系。

所院作为依托单位牵头“重大疾病共性机制研究全国重点实验室”、共建“疑难重症及罕见病全国重点实验室”、“呼吸和共病全国重点实验室”、“先进医用材料与医疗器械全国重点实验室”。拥有“国家生物医学实验细胞资源库”、“国家发育和功能人脑组织资源库”、“国家人口与健康科学数据中心（基础医学）”，以及“基础医学国家级实验教学示范中心（北京协和医学院）”等4个国家级教学科研平台中心，承担着中国医学科学院北京协和医学院医学科研和医学教学两大任务。

所院坚持党管人才，人才济济。现有职工460余人，其中中国科学院院士2人，中国工程院院士5人，国家级高层次人才150余人次。与此同时，借助“协和青年学者支持计划”和“协和海外青年学者支持计划”吸引和造就拔尖青年后备人才。

北京协和医学院是国家首批批准的博士学位和硕士学位授予点，基础学院在教学方面承担着北京协和医学院研究生、临床医学八年制、临床医学改革试点班、护理学及药学专业本科生的教学任务，现有博士生导师66名，硕士生导师42名，在读研究生610人，设有博士后流动站。所院牵头的基础医学学科在学科评估中获得A+，牵头的生物学学科（基础医学支撑）、参与的药学、生物医学工程、公共卫生与预防医学学科均入选新一轮“双一流”建设名单。

所院充分发挥人才与技术优势，1978年以来，以基础所院作为第一完成单位共获得科技成果奖励160余项，其中国家级奖项18项。所院围绕国家卫生与健康领域重大需求，坚持“四个面向”和科技创新的顶层目标，结合《健康中国2030》发展规划、医学与健康科技创新工程的实施，深入探讨疾病的底层逻辑。试图从分子、细胞、组织、器官到整体水平，从基础到临床，以系统整合生物学的思维方式及可能的方法，探讨疾病发生、发展的规律，为制定适合我国国情的重大疾病早期预警和干预策略以及防治方案提供科学依据。承担国家重点研发计划、科技创新 2030 重大专项、科技基础资源调查专项、国家自然科学基金基础科学中心、中国医学科学院医学与健康科技创新工程等重大科技任务。近年来，发表论文数目稳定，质量稳步提升，多篇文章发表于国际著名期刊Nature、Science、Cell、Circulation、Nature Cell Biology、Nature Immunology、Nature Metabolism、Nature Medicine、Nature Communications、Science Immunology、Science Advances、Cell Host and Microbe、Cancer Cell等杂志。近年来积极推动科技成果转化，其中在基因工程药物、单克隆抗体诊断试剂、中西药物、HPV疫苗以及高分子材料等专利和技术转化中取得主要进展，为新理论、新技术从实验室到临床应用发挥了积极的促进作用。

所院学术文化氛围浓厚。2022-2025年连续四年成功承办四届中国医学基础学科发展大会；多年来定期举办“协和博新论坛”、协和生物医学论坛、PI Club等学术活动；与北京协和医院合作承办《基础医学与临床》杂志。

中国免疫学会、中国生物医学工程学会、中国解剖学会3个国家一级学会挂靠所院；中国生化及分子生物学学会基础医学专业委员会、北京生理科学会、北京生物化学与分子生物学会等学术机构挂靠在所院。。

今日之基础所院，认真贯彻落实习近平总书记“努力把中国医学科学院建设成为我国医学科技创新体系的核心基地”重要指示精神，围绕基础医学服务于国家人口大健康方略，制定“增强定力、激发动力、汇聚合力、精准发力”的工作方针，以建成我国医学科技创新体系核心基地的“前沿阵地”和国际一流医学教育创新的“主引擎”为发展目标，将巩固开拓优势学科领域、构筑可堪承担国家使命重任的卫生健康科技战略力量。