D&JClub研究生学术活动(生物信息学软件应用讲座)

D&JClub研究生学术活动(生物信息学软件应用讲座)

    12月21日晚七点，新一期研究生学术活动于老科研楼七楼东教室如期开始。本次活动我们邀请到两位嘉宾——中国疾病预防控制中心的杨军博士和王晓月课题组的刘松博士。杨军博士为我们讲解了R语言的基础知识及应用，刘松博士则介绍了常用的生物信息学数据库和网站。

图1 现场观众入座，活动即将开始

    在主持人简洁的开场白后，杨军博士开始了他的展示。杨军博士从介绍国际上流行的统计学软件切入主题，分别介绍了SPSS(Statistical Package for the Social Sciences)、SAS(Statistics Analysis System)、STATA、S-plus等软件及语言。接着，主讲人在S语言的基础上引出了R语言，并详细介绍了R语言的历史、起源和特点。主讲人还和我们分享了如何快速有效地学习R语言。接下来，主讲人演示了如何下载安装R，并一一介绍了R语言最基本的理论知识概念。介绍完基础的概念后，主讲人详细介绍了R程序包的安装、使用、更新和查看帮助文件。以及R图形界面Rstudio的组成和优点。最后，主讲人还为我们推荐了相关的参考书籍和论坛。在提问互动环节中，杨军博士还进行了有趣的R语言编程展示。

图2 杨军博士开始讲解

    第二位主讲人刘松博士则与我们分享了生物信息学方面的内容。首先，刘松博士介绍了他眼中的生物信息学是：算法优化开发(RNA Seq data analysis)、数据库开发(DENdb, Heploreg, funseq, Regulome DB)、找规律(Cancer mutation signature)以及目标信息提取(recurrent somatic mutation, Functional annotation of colon cancer risk SNPs )。

图3 刘松博士在讲解

    接下来，刘松博士介绍了生物信息学常用的数据库和小软件。数据库有：NCBI (blast/Gene/GEO)、UCSC(genome browser/gene sorter /ENCODE/liftover)、COSMIC、TCGA/ Cbioportal、Roadmap Epigenomics Project、Genecards。小软件有：Funseq(non-coding变异分析)、ANNOVAR(基因注释)、DAVID(基因富集分析)、Haploreg(rs2412963)、Hapmap、MEME Suite、IGV。每个数据库，主讲人都进其官网为我们进行现场演示。讲解结束后，有不少同学到讲台和主讲人交流。

图4 刘松博士展示运行结果

    谢谢大家对D&J Club的关注和支持，我们会继续努力为大家带来更加精彩的活动。更多内容敬请关注“医科院基础所研究生会” 微信公众号，以获取更多及时信息。